Predavanje: INDUKCIJA PROCESNIH MODELOV V SISTEMSKI BIOLOGIJI PDF natisni

V okviru biostatističnega centra bo v sredo, 17.12.2008, ob 14. uri na IBMI, predaval doc. dr. Ljupčo Todorovski z Univerze v Ljubljani, naslov predavanja pa je

Indukcija procesnih modelov v sistemski biologiji

Sistemska biologija je področje znanosti o življenju, ki obravnava razumevanje bioloških organizmov kot celot. Je obsežno področje, ki z različnimi pristopi raziskuje širok spekter problemov. Gotovo je eden centralnih problemov na področju sistemske biologije študij bioloških omrežij, kot so metabolitske ali genetske mreže. Analiza bioloških omrežij zajema študij posameznih komponent in njihovih interakcij, ki skupaj določata dinamično obnašanje omrežja. Rekonstrukcija bioloških omrežij, torej njihovih komponent, strukture interakcij in dinamičnega obnašanja, iz časovnih vrst je osrednji problem na področju sistemske biologije.

V tem predavanju bomo predstavili možnosti uporabe procesnih modelov za modeliranje dinamike bioloških omrežij. Procesni modeli so formalizem za modeliranje dinamičnih sistemov, ki povezuje kvalitativni in kvantitativni vidik dinamike modeliranega sistema. Kvalitativni del modela, v obliki entitet in procesov, pojasnjuje dinamično obnašanje modeliranega sistema, kvantitativni del, v obliki diferencialnih enačb, pa omogoča simulacijo modela. Procesni modeli ponujajo osnovo za povezovanje grafične predstavitve bioloških omrežij, kot kvalitativne strukture komponent (entitet) in interakcij (procesov), z dinamičnim obnašanjem modela, kot ga določa kvantitativni model. Pristopi za indukcijo procesnih modelov iz časovnih vrst, pa ponujajo novi pristop k rekonstrukciji bioloških omrežij. Demonstrirali bomo uporabo induktivnega procesnega modeliranja na problemih modeliranja dinamike bioloških omrežij, kot so problemi rekonstrukcije znanih omrežij ali predlaganja modelov za neznana omrežja.